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Amoeba es un sistema paralelo. Esto significa que un solo puesto de trabajo o programa puede usar varios procesadores para ganar velocidad. Por ejemplo, un problema tal como el Traveling Salesman Problem puede utilizar decenas o incluso cientos de CPUs, si están disponibles, todos trabajando juntos para resolver el problema más rápidamente. Se puede aprovechar de esta manera como grandes motores de computación.

Otro objetivo clave es la transparencia. El usuario no necesita conocer el número o la ubicación de la CPU, ni el lugar donde se almacenan los archivos. Del mismo modo, temas como archivo replicación se manejan en gran medida de forma automática, sin intervención manual por los usuarios.

Dicho en otros términos, un usuario no inicia sesión en una máquina específica, pero en la sistema como un todo. No existe el concepto de una máquina de casa. Una vez conectado, el usuario no tiene que dar comandos especiales de acceso remoto para aprovechar los múltiples procesadores o hacer operaciones especiales de montaje remoto para acceder a archivos remotos. Para el usuario, el sistema en su conjunto se parece a un sistema de tiempo compartido convencional solo.

Rendimiento y fiabilidad son siempre cuestiones clave en los sistemas operativos, por lo que esfuerzo considerable ha ido a tratar con ellos. En particular, la base del mecanismo de comunicación se ha optimizado para permitir que los mensajes a ser enviados y respuestas recibido con un mínimo de demora, y para permitir que grandes bloques de datos a ser enviados desde una máquina a un ancho de banda alto. Estos bloques de construcción sirven como base para la implementación de los subsistemas de alto rendimiento y aplicaciones en Amoeba.